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中文题名:

 小波分析在原核生物水平基因转移探测中的应用    

姓名:

 曹莎    

保密级别:

 公开    

学科代码:

 070101    

学科专业:

 数学与应用数学    

学生类型:

 学士    

学位:

 理学学士    

学位年度:

 2011    

学校:

 北京师范大学    

校区:

 北京校区培养    

学院:

 数学科学学院    

第一导师姓名:

 杨淳    

第二导师姓名:

 林魁    

提交日期:

 2011-06-13    

答辩日期:

 2011-05-16    

外文题名:

 Use of wavelet analysis in the detection of horizontal gene transfer events in prokaryotes    

中文关键词:

 水平基因转移 ; 小波分析 ; 二进小波 ; 小波去噪 ; 假设统计检验    

中文摘要:
大肠杆菌作为一种模式生物,是现代生物学中研究最多的一种生物,本文呈现了小波分析方法在大肠杆菌的一个子品系E.colistr.K-12 substr W3110上探测水平基因转移事件的应用。目前,探测细菌基因组中的外来基因大多数是比较基因组学的方法,并利用评价函数来量化基因组中与外源基因相关的特征,但是这类方法需要被试基因组较为完整的进化关系的建立,更需要大量的计算。本文采用小波方法分析全基因组GC轮廓图的模式,创新点在于利用开方检验来决定每一个尺度上哪些系数代表噪声,哪些代表信号的主要成分,并利用二进小波对信号奇异性检测的优势,便利地输出了全基因组中具有特异G+C含量的位点供后续的生物学分析,该方法计算量较小,并获得了很好的结果。在得到的这些奇异位点中,一部分是目前的研究方法中已经被描述过并且经过了生物学验证的;另一部分,是使用本文的方法探测出的新的疑似水平转移基因,最终的确定仍需要生物学家的实验支持。总之,结合一定的生物学分析,并在水平基因转移的假说之下,本文发现小波分析方法结合统计阈值去噪是探测基因水平转移事件的有力工具。
插图总数:

 0    

插表总数:

 0    

馆藏号:

 本070101/1173    

开放日期:

 2011-06-13    

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